Protein dalam pakan harus diberikan secukupnya agar tidak mencemari lingkungan

Permasalahan tersebut muncul dari kegiatan akuakultur intensif yang padat modal, teknologi, dan menghasilkan sisa buangan yang tinggi per volume air. Utamanya untuk ikan-ikan bernilai tinggi seperti udang, salmon, dan ikan-ikan karnivora. Limbah yang dikeluarkan dari kegiatan akuakultur bersumber dari:

1. Sisa-sisa proses metabolisme ikan, berasal dari sisa rangkaian proses metabolisme dalam tubuh ikan yang dikeluarkan melalui insang dan urine.
2. Sisa-sisa proses pencernaan ikan, berasal dari makanan yang dikonsumsi oleh ikan tetapi tidak bisa dicerna dan akhirnya dikeluarkan lagi dalam bentuk feces (kotoran).
3. Sisa-sisa pakan yang tidak dimakan oleh ikan atau kelebihan dari pakan yang diberikan.

Ketiga limbah tersebut menimbulkan pengaruh negatif pada lingkungan jika berlebih, yaitu melebihi kemampuan alami perairan untuk menguraikannya. Untuk mengurangi pengaruh negatif tersebut caranya dengan memperbaiki mutu dan teknis pemberian pakan.
Perbaikan mutu pakan, khususnya pada peningkatan jumlah nutrien yang diserap sehingga mengurangi jumlah nutrien yang terbuang ke lingkungan. Perbaikan pakan ini bisa meningkatkan jumlah pakan yang dicerna sehingga mengurangi produksi feces yang terbuang ke lingkungan. Otomatis hal ini akan mengurangi jumlah pakan yang tidak termakan oleh ikan.
Tentang limbah akuakultur ini, ada 3 komponen utama yang dianggap bisa menimbulkan dampak negatif terhadap lingkungan perairan yaitu limbah nitrogen, fosfor dan limbah dalam bentuk padatan. Limbah nitrogen dan fosfor berasal dari makanan yang tidak termakan, makanan yang tidak tercerna, dan sisa metabolisme tubuh ikan. Sedangkan limbah padat berasal dari makanan yang tidak termakan dan feces ikan.